Stiftelses huvudsakliga ändamål är att upprätthålla en separat professur i numismatik och penninghistoria vid Stockholms universitet, att utdela stipendier till universitetsstuderande, samt att utdela bidrag till avgränsade forskningsprojekt. I undantagsfall kan även bidrag lämnas till förvärv av synnerligen märkliga föremål till Kungl. myntkabinettet.
Gunnar Ekströms stiftelse är genom stödet till Stockholms universitet, till universitetsstuderande och till angelägna forskningsprojekt förutsättningen för en stor del av svensk numismatisk forskning. Stiftelsen är en av två stiftelser som årligen bidrar stort till den svenska numismatiska verksamheten.